台塑企業爲了強化長庚醫院的組織決定設立長庚決策委員會，統合林口、台北、基隆及高雄院區的行政工作，于1983年成立長庚醫務管理中心(現稱行政中心)，作爲整個醫院的總管理處負責經營與管理並于各院區設立管理處或管理部。發展至今長庚醫院形成醫管分工合治的方式，醫療專業技術人員負責提升醫療專業水平，管理幕僚負責經營管理和效率改進，重大策略問題均上報決策委員會決策。各院區將醫療科室及非醫療單位進一步分爲利潤中心和成本中心，以科別爲經營主體實施責任經營制度。

長庚醫院靠著醫管分工合治的方式，控管每個成本中心的收支和績效，依據科別大小分別設立科經理，科經理的工作重點包含:經營分析、績效管理、安全衛生、資材管理、人力資源、空間運用規劃、儀器設備、醫療事務、醫療質量及其他事項等十項，作爲科主任和院方之間的溝通橋梁，等同于科主任的第二雙眼睛，讓科主任得以聚焦醫療科室的發展、專注于日常臨床工作、執行教學及科研工作。

專科經營管理的執行辦法爲透過健全的成本會計制度和成本分攤基礎，定期分析責任中心的經營表現和損益，設定各職能績效管理方案，將其導入醫療服務的例行運作，並定時給予評估和異常分析，若發現異常就提報檢討、討論改善方案，同時提供激勵誘因，讓科室績效得以按照計劃、執行、檢討、行動的PDCA循環，藉由制度的改善以追求整體經營管理的逐步改善。

台灣長庚醫院是專科經營管理的發源地，目前爲台灣最大的醫療體繫，全體繫醫療量占全台十分之一，在巨大的服務量能下，透過有效的管理方法

合富很開心能有此難得的機會, 邀請長庚專科經營管理實戰經驗的專家, 提供其40年來的執行經驗，透過檢視醫院的基本數據做經營診斷、提供醫院決策上的良方供管理層參考，通過曾掃描過一百多個專科經營的專家，在有限的會議時間內能點出專科經營的痛點，雙方皆期待有更多的合作，幫助醫院全方位提升績效和管理制度，達到落實精細化管理的目的。